Los granos de cacao tienen un sabor ácido desagradable, por lo que para obtener cacao con el color y el sabor del chocolate deben ser fermentados, tostados y secados. En el proceso de fermentación participan los microorganismos que se encuentran naturalmente en los granos, de entre los cuales actúan primeramente las levaduras. Posteriormente actúan las bacterias lácticas y, finalmente, intervienen las bacterias acéticas, los Bacillus y las enterobacterias. Esta fermentación es esencial tanto para modificar los granos, eliminando el mucílago, como para preparar el grano que requieren las enzimas encargadas de modificar su color, sabor y olor, produciendo también compuestos de sabor. La fermentación es una etapa del procesamiento del grano de cacao, que requiere aún de investigación, ya que hasta la fecha sigue siendo bastante empírica. Una fermentación en condiciones controladas permitirá obtener cacao de buena calidad y de características homogéneas.